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昆明市儿童医院1989年创建耳鼻咽喉科，1990年成立住院部，和眼科合用一个护理单元，2011年更名为耳鼻咽喉头颈外科。昆明市儿童医院耳鼻咽喉头颈外科是云南省诊治儿童耳鼻咽喉和头颈部疾病为主的专业科室，担负着全省小儿耳鼻咽喉急危重症的诊疗及抢救工作，设有门诊、听功能检查室、内镜中心、睡眠中心和病房。

耳鼻咽喉头颈外科处于我国儿童医院先进水平，云南省重点专科，云南省听力筛查评估专家组组长单位，指导云南省新生儿听力筛查实施方案的修订工作。科室是昆明医科大学耳鼻咽喉博士和硕士学位培养点，人才结构合理，是一支具有高学历、高素质的高中初级职称并存的人才队伍。拥有博导1人，硕导5人，教授7人，博士2人，享受国贴和省突称号2人，云南省万人计划“名医”2人。门诊人数12万/年，手术2300台/年，四级手术占比25%，目前开展的手术项目中气管支气管异物取出术、人工耳蜗植入术、全耳廓再造术、儿童鼾症疾病的诊治、儿童听力障碍性疾病的诊治、颈部肿块切除术和过敏原的检测是科室的特色及优势项目。其中儿童喉气道手术、人工耳蜗植入术、全耳廓再造和听功能重建手术全省领先，辐射西南。

科室在科研、临床方面成绩突出，承担国家自然科学基金和云南省重大专项20项，科研经费1000万，发表高质量的学术论文12篇，为云南省培养耳鼻咽喉和听力人才100余名。科研项目《儿童听力障碍综合防治关键技术体系的建立及应用》获云南省科技进步二等奖。2009年和2012年连续被昆明市卫生局评为“昆明市第三、第四周期甲级医学重点学科”。科室设有2个卫生局批准挂牌的中心，即《昆明市儿童听力障碍疾病及听力筛查研究中心》和《昆明市儿童内窥镜检查和治疗中心》，2010年由于成绩突出被云南省卫生厅批准为《云南省儿童耳鼻咽喉疾病诊治研究中心》,2012年被昆明市卫生局授予“优质护理示范病区”, 2012年我科听力研究中心成为云南卫生厅首批认定的三家听力诊断中心之一，而且是云南省听力筛查评估专家组组长单位，参与云南省新生儿听力筛查实施方案的修订工作。2014年被昆明市科学技术局批准为《儿童听力障碍综合防治创新团队》；2016年科室被昆明市科学技术局批准为《昆明市听力及言语疾病诊治工程技术中心》；同年被国家卫计委指定为云南省贫困聋儿人工耳蜗抢救性康复项目手术定点医院，也成为全国第三家耳蜗植入手术定点的儿童医院。2017年，项目《儿童听力障碍综合防治关键技术体系的建立及应用》获云南省科技进步二等奖，并被昆明市卫健委批准为《昆明市儿童头颈疾病诊治中心》。2018年成功申报《云南省儿童听力障碍及语言疾病综合防治省创新团队》《昆明市人工耳蜗植入技术中心》，2019年科室成功申报云南省省级临床重点专科、昆明市第六周期临床重点专科和《昆明市儿童先天出生缺陷防控研究重点实验室》，被昆明市卫健委批准为《昆明地区先天性耳聋分子遗传病因学研究技术中心》和《昆明市儿童耳廓畸形无创矫正及再造技术中心》。2020年获批云南省王海波专家工作站。